Gıda güvenliği bir yönetim sistem standardı olması nedeniyle işletme yönetim olgusunu ön plana çıkartarak çok geniş bir fonksiyon ortaya koymuştur ki işletmeler bu fonksiyonları ve adımlarını uyguladıkları taktirde aşağıda genel olarak belirtmeye çalıştığımız faydaları kazandırmaktadır. 

• Kuruluşunuza aşağıdaki faydaları sağlayacaktır. 
• Pazarda güven kazanma
• Ön Gereksin Programları ile gıda üretimini güvenceye almak
• Rekabet gücü kazanma
• Ürün ve hizmet kalitesinde ölçülebilir düzelme
• Standart dışı üretimde azalma dolayısıyla ürün geri dönüşlerinin ortadan kalkması ve imaj korunması
• Üretim ve işlemlerde disiplin oluşturma
• Yönetim etkinliğini artırma
• Uluslar arası pazarlara girişte ilk gereksinimi sağlama, tüm dünyada ticaret kolaylığının sağlanması
• Kalite kültürüne sahip olma ve geliştirme
• Daha etkin karar mekanizması oluşturmak için veri toplama ve kontrol
• Tüm çalışanların ortak sorumluluğu sağlanarak etkin bir oto-kontrol sisteminin uygulanmasının sağlanması
• Etkin zaman yönetimi
• Tüketiciyi bilinçlendirme
• Etkin stok kontrolü ve veri sağlama
• Etkin müşteri hizmeti
• Tedarik zincirinde iyi bir yer edinme/güven oluşturma
• Ürün yaklaşımı yerine sistem yaklaşımı
• Kaynak optimizasyonu – dahili ve gıda zinciri boyunca
• Daha iyi planlama, daha az üretim sonrası doğrulama
• İyileştirilmiş dokümantasyon 
• Ön şartlı programların sistematik yönetiminin sağlanması
• Artan teknik yeterlilik sağlanması
• Gıda güvenliği unsurları hakkında tedarikçiler ve müşteriler, denetleyiciler ve diğer ilgili taraflar ile dinamik iletişim
• Gıda güvenliği tehlikelerinin tanımlanması ve kontrol önlemlerinin uygulanması için sistematik ve önleyici bir yaklaşım sağlanması
• Yükümlülüklerini bilen ciddi ve profesyonel bir organizasyon oluşturulması
• Ürün güvenliğine olan güvenin artması
• Proses kontrolün dökümanlarla kanıtlanmasına olanak vermesi
• Spesifikasyon ve yasal mevzuatla uyum içinde olduğunun kanıtlanmasını sağlamakla beraber daha bir çok faydaları vardır.